快速创建临床基线表

临床医学研究中，一个非常常见的需求就是，如何制作一个简答，明确，带有各种汇总信息的三线表，当然三线表是基础，向其中添加各种汇总信息，统计信息，注释信息能够让研究显得更加清晰明确，统计分析有据可依。

R中有很多工具可以制作三线表，也有很多工具可以做统计分析，但缺少一个统一起来且能顺畅输出的框架，这里可以使用gtsummary和flextable就能完成这一点：

library(gtsummary)
librarya(flextable)

#文件是一个常见的矩阵文件，其中有一个分数分组，其余都是一些临床特征数据，可以是连续变量，也可以是分类变量
#行为样本，列为特征

allrisks <- rbind(highrisk,lowrisk)
allrisks$Tumor_Sample_Barcode <- rownames(allrisks)
infclinical <- merge(infclinical,allrisks,by = "Tumor_Sample_Barcode")

infclinical <- infclinical[,-1]

infclinical <- as_tibble(infclinical,rownames = NULL)
infclinical

inf_name <- colnames(infclinical)
inf_name

library(gtsummary)

table2 <- 
    tbl_summary(
        infclinical,
        by = riskgroup, # 分组
        statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})"),  
        missing = "no" # 
    ) %>%
    add_n() %>% # 添加非NA观测值个数
    add_p() %>% # 添加P值
    add_overall() %>%
    modify_header(label = "**Variable**") %>% # 标签列header
    bold_labels()  #label 粗体
table2
library(tidyverse)
table2%>%
    as_gt() %>%
    gt::gtsave("./table2.rtf")

table2 %>%
    as_flex_table() %>%
    flextable::save_as_html()

注意，为了整洁起见，最好输出为html，效果非常好，输出为rtf也可以，但是输出为docx容易乱码，推测可能是编码的问题，但这东西不好折腾，最佳选择就是不要折腾，输出html大家都好。