UCSCXENA?

关于TCGA的分析，各种网页和公众号已经很多了，甚至还有概普测试、仙桃学术这些“傻手级”应用，然而最近下载数据的时候我突然发现……原来自己连最常用的UCSC XENA都还没学完。

通常来讲，UCSC XENA作为一个非常标准的数据库而存在，经常用语从里面下载各种各样的Tumor的组学数据，官方还出了UCSCXenaTools这个整合的数据下载接口，方便在R中的数据下载，再也不用烦恼各种数据倒腾来倒腾去了。

但是UCSCXenaTools却没提供很好用的绘图的接口，仅仅作为下载数据存在，但是UCSC XENA上却有，与大家常用的诸如GEPIA2、UALCAN提供的没有区别，甚至由于其数据一致的特性，可靠性和可复现程度更高，当然想做什么很复杂的分析也的确不容易就是了，复杂分析这里推荐GSCA图好看，有数据，能下载，类型全，且访问快….

说回UCSC XENA，这个分析在哪里呢？其实就在首页，上面有个大大的visualization，点那个就行。

进去之后，会感觉有点蒙蔽，这界面都是些啥？能干啥？而且指示不清，的确是非常古早的设计了。

首先以最简单的需求出发，比如，想看某个基因在某个TCGA队列里面的表达量在normal和tumor之间的区别，怎么做？

UCSC提供三段式的分析步骤，无论做什么，都是这三个步骤：

首先，选择study，当然最开始看到的是 I know the study I want to use，就选这个，如果你连要做什么队列或者癌症类型都没确定，那还是先去设计课题再来分析….

选好之后下面会弹出让选择队列的框，可以在里面输入一些关键词，比如癌症的类型，像LIHC,LUAD,GBM等，也可以浏览它提供的数据，反正大家都很熟悉了，随便选一个COAD。选好后，点击下面的DONE，进入下一步。

然后，是选择需要研究的特征，包括了各种数据类型的特征都能选，表型，各种组学都可以，这里想看的是基因表达，比如TP53基因，就在上面输入TP53，然后往下选择gene expression RNAseq里面的就行，数据的含义不做解释，选好后点确定。当然，还可以看甲基化、突变情况、甚至临床的特征都行。选好后DONE，进入下一步。

下一步就是选择第二个变量，可以是临床特征，需要切换到Phenotypic，然后进行选择，这里可以选sample_type，就是比较tumor/normal之间的差异。这里也可以再选一个基因，看二者的相关性，或者选一些甲基化位点，这里也是UCSC的一个缺陷，最多就提供俩变量的联系。选好后点DONE。

这时候，研究就构件好了，可以选择第一个变量或者第二个变量进行分析，点击各自选项卡右上角的三角形就行，剩下的就简明易懂了，比如这里选Chart&Statistic就能够进行简单的统计绘图，提供box和violin两种。

看上去好像很弱是吧，然而这里有个好处，其一，它用的数据直接提供下载，有时候比如你只想查看某几个基因的数据，直接设计好了之后，可以直接下载为TSV，跳过清洗之类的步骤，这一步也可以通过UCSCXenaTools完成，但未必每个人都知道代码怎么写。网页工具的确直观一些。第二个优势在于，它提供下载的数据，就是它绘图用的，不会出现你下载了它的数据，却复现不出来的情况，也不会有什么所谓“独特”的，不提供下载的预处理（说的就是你GEPIA），结论更加可靠，像GEPIA2那种TPM，搞完没人复现出来，鬼才相信他提供的结论哦。

当然，也能设计更加复杂的项目就是了，作为初步的探索非常合适，也能够为一些入门的提供更加简单方便的TCGA的分析。用不着去蹭那些乱七八糟压根复现不出来的网页工具，就用这个就够了。