物种间基因互换

发表于2022-05-18更新于2022-10-21

近期碰到一个很奇怪的需要，希望将单细胞矩阵里小鼠的基因转换为human的基因。

经过追问是因为想做scMetabolism分析，而这个方法中给出的gmt文件都是human的，其实我的第一想法是应该去把gmt的改成小鼠对应的，不过这个显然对方无法自己做到，而且还涉及到修改函数源码的问题，因此，只能将seuratobject里的小鼠的symbol改成human的。

有两种方案，其一是超级偷懒版。由于小鼠和human同源的基因本质上只是大小写不一样，那么我们可以直接将小鼠的基因列表使用upper函数直接全转成大写就当完成。

第二种，利用ensembl来转换，这个教程很多，但是网络访问问题嘛…….

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library(biomaRt)
human <- useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
mouse <- useMart("ensembl",dataset="mmusculus_gene_ensembl")

#将小鼠基因转成人的基因：

geneMn <- rownames(mtx)
geneHs <- getLDS(attributes = "mgi_symbol",
    filters="mgi_symbol",
    values= geneMn,
    mart=mouse,
    attributesL = "hgnc_symbol",
    martL=human,
    uniqueRows = TRUE)
geneHs

反正我自己是没跑出来，不是404就是502…….

第三种，使用homologene这个R包，这种最简单，而且这个包针对human和mouse还专门写了一个函数mouse2human

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library(homologene)
#inTax是输入的基因列表所属的物种号，10090是小鼠
#outTax是要转换成的物种号，9606是人
homologene(genelist, inTax = 10090, outTax = 9606)

这样就太简单了，当然，转换完之后得传回seuratobject里，一共有三个地方需要改动，两个dimnames和一个var.features（高变基因列表）

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seuratobject@assays$RNA@data@Dimnames[[1]] <- genes_trans
seuratobject@assays$RNA@counts@Dimnames[[1]] <- genes_trans